Na parterze znajdowały się sale lekcyjne, gdzie odbywały się zajęcia.
Piętro pierwsze mieściło sypialnie chłopców, łazienkę, kuchnię oraz jadalnię.
Na drugim piętrze, w jednym pokoju mieszkali Pan Kleks oraz Mateusz.
Trzecie piętro mieściło sekrety Pana Kleksa i było zabezpieczone przed niepowołanym dostępem. Nie można się do niego dostać schodami, gdyż takie nie istnieją. Ambroży Kleks dostawał się na trzecie piętro kominem.
